Kanon là một visual novel lãng mạn mà trong đó người chơi sẽ vào vai Aizawa Yuichi.[1] Gần như toàn bộ thời gian chơi chỉ là đọc những lời tự sự và hội thoại. Văn bản trong trò chơi thường kèm theo một sprite (立ち絵, tachi-e?) nhân vật, đại diện cho người mà Yuichi đang giao tiếp, trên một họa nền; sprite có thể thay đổi thường xuyên theo biểu cảm nhân vật. Người chơi sẽ bắt gặp những CG artwork ở một số thời điểm trong kịch bản, khi đó họa nền và sprite nhân vật được thay thế bởi một họa phẩm riêng biệt, tùy tình huống. Sau khi trò chơi được hoàn thành ít nhất một lần, một tùy chọn đến trang trưng bày CG và chơi các bản nhạc nền sẽ hiện ra trên màn hình tiêu đề game. Kanon đi theo một cốt truyện phân nhánh với nhiều cái kết khác nhau, và tùy thuộc vào những quyết định người chơi thực hiện trong suốt quá trình thưởng thức mà kịch bản sẽ tiến triển theo một hướng cụ thể.[2]

Có năm mạch kịch bản chính để người chơi trải nghiệm, mỗi mạch truyện tập trung vào câu chuyện của một nữ chính. Visual novel thường cung cấp những tùy chọn để người chơi lựa chọn xuyên suốt kịch bản, và văn bản sẽ tạm ngưng không chạy tiếp cho đến khi người chơi đã đưa ra quyết định của mình. Để đọc được toàn bộ kịch bản, người chơi phải chơi lại nhiều lần, mỗi lần lại đưa ra các lựa chọn khác nhau để câu chuyện đi tiếp theo một hướng khác.[1] Sau khi người chơi hoàn thành kịch bản của Mai, mạch truyện của cô ở lần chơi lại tiếp theo sẽ cung cấp thêm một lựa chọn để mở ra phần truyện về quá khứ của Sayuri. Maeda Jun, một trong hai nhà biên kịch của Kanon, bình luận vào tháng 3 năm 2001 rằng công chúng Nhật Bản có thể đã nhìn Key như một hãng chuyên làm các trò chơi êm dịu bởi ảnh hưởng từ tác phẩm này, nhưng ông cũng khẳng định rằng chẳng ai trong nhóm phát triển Kanon từng nghĩ sẽ như thế.[3]

Phiên bản dành cho người lớn (eroge) chứa những CG thể hiện cảnh làm tình giữa Yuichi và một trong các nữ chính.[1][4] Về sau, Key đã phát hành những phiên bản Kanon không có nội dung tình dục. Những phiên bản người lớn có một đoạn quan hệ tình dục trong từng kịch bản của năm nữ chính, vào thời điểm sau khi đã qua 50-75% thời gian chơi mỗi mạch truyện, chưa tính một cảnh làm tình tưởng tượng.[1] Ngoài ra, có hai cảnh khỏa thân sử dụng chung một họa nền.[1] Suzumoto Yūichi, nhà biên kịch gia nhập Key sau này, chia sẻ rằng những cảnh sex trong Kanon mang ý nghĩa rất hạn hẹp và có thể dễ dàng loại bỏ mà không ảnh hưởng đến câu chuyện.[3] Maeda từng được hỏi là ông nghĩ gì nếu các cảnh sex được vẽ nhằm mục đích kích thích bản năng tự nhiên của con người, nhưng ông đã nói rằng nó chẳng thể nào xảy ra trong các trò chơi như Kanon hay tựa game thứ hai của Key là AIR.[3]